Pondok Pesantren Assalafi Al Fithrah didirikan oleh Hadhratusy Syaikh KH. Achmad Asrori Al Ishaqy ra. pada tahun 1985 bermula dari kediaman Beliau dan mushola. Pada saat itu ikut serta beberapa santri dari Pondok Pesantren Darul ‘Ubudiyah Jatipurwo Surabaya yang didirikan dan diasuh Hadhrotusy Syaikh Al Arif Billah KH. Muhammad Utsman Al Ishaqy ra. Pada tahun 1990 datanglah beberapa santri dengan kegiatan ‘ubudiyah dan mengaji secara sorogan & bandongan di mushola.

Dalam perkembangannya jumlah anak yang ingin mengaji dan nyantri semakin banyak sehingga pada tahun 1994 Hadhratusy Syaikh memutuskan untuk mendirikan Pondok Pesantren dan mengatur pendidikan secara klasikal.